در روش جریان مستقیم ترانس کرانیال، جریان الکتریکی ضعیفی، از طریق قرار دادن دو الکترود به پوست سر برقرار می‌شود. به طور معمول، 2 الکترود یک‌بار مصرف، روی سر قرار می‌گیرد و جریان کمی بین این الکترودها عبور داده می‌شود تا مغز را از طریق جمجمه تحریک کند. یک الکترود به عنوان الکترود هدف و دیگری به عنوان الکترود مرجع شناخته می‌شود. در برخی از دستگاه‌ها، الکترود مرجع در خارج سر، مثلا روی بازو قرار می‌گیرد. در طول تحریک الکتریکی مغز ، جریان بین دو الکترود برقرار و از مغز عبور می‌کند تا مدار کامل شود. معمولا از جریان با شدت کم 1 تا 2 میلی‌آمپر استفاده می‌شود که این جریان به طور مداوم برای حدود 30 دقیقه به فرد اعمال می‌گردد.

در روش جریان مستقیم ترانس کرانیال، از جریان پیوسته استفاده می‌شود که در یک جهت از الکترود آند به سمت الکترود کاتد به صورت مستقیم، جریان دارد. مکان‌هایی که الکترودها در آن قرار می‌گیرند، باید مشخص و تعیین شود. قبل از اتصال الکترودها به پوست سر، آزمایشگر باید اطمینان حاصل کند که پوست فرد سالم است. از محلول نمکی برای چسباندن الکترودها به پوست سر استفاده می‌شود که می‌توانند توزیع جریان را به طور موثری کنترل کنند. سپس، الکترودها با استفاده از سیم‌های متصل به پورت‌های آندی/کاتدی مربوطه به محرک متصل می‌شوند. هنگامی که الکترود روی ناحیه‌ موردنظر قرار می‌گیرد، باید به خوبی محکم شود. پس از اتصال الکترودها، مدت زمان تحریک الکتریکی مغز، شدت جریان و زمان‌های افزایش یا کاهش آن باید برنامه‌ریزی شود.